1、由于近年来籽棉收购价格放开，加上地方政府调控，占全国产量l／3的新疆棉区棉花种植面积也有减少。一边是有限的资源，一边是众多棉企及棉贩争相抢购、哄抬籽棉价格，恶性竞争，常常是“僧多肉少”。而大包装棉花企业很难抓到棉花资源，处于“吃不饱”甚至只能是半饱的状态。
　　2、目前新疆不少地区仍有大量的小包装棉花企业。这些企业能否在规定时间内以一刀切方式全部退出市场，还没有一个清楚的方案和时间表。小包装棉企的存在，使得许多大包装棉花加工企业累计加工期还不到一个月，开工严重不足，加工周期短，设备闲置，效益低下，不能按时偿还银行贷款，还贷信誉等级降低又会影响下一年度贷款。
　　3、近年来，棉花经营风险增大，市场行情瞬息万变，棉花企业还贷能力削弱，使农发行贷款门槛日益提高，贷款手续也日益繁琐。等到贷款审批下来，也往往贻误了最佳收购时段和最佳收购价格。出现了9月份适宜收购时无资金，10月份以后虽然有资金，但不及时和不满足，使得大包装棉花企业步履维艰。
　　4、据了解，棉花短纤维含量、棉结、纤维长度、整齐度等指标一直是纺织企业比较关注的品质指标，对纺织企业纱线质量影响较大，而公证检验结果并没有全面提供该数据资料，纺织企业仍需进行二次检验，选择原料，科学配棉，公证检验结果并没有完全得到认可，使得大包装棉花企业送检的积极性不高。
　　5、由于大包装棉花的组批方式与以前不同，按仪器化公证检验的品级、长度、马克隆值等指标进行分类组批，这样在加工后增加了棉花、挑包搬倒的费用和时间。